数码宝贝3集中，故事围绕主角松田启人展开。第1集，基尔兽诞生，启人因神秘蓝卡踏上了冒险之旅。第2集，大耳兽加入，基尔兽的意外吐火引发恐慌，启人面临如何隐藏数码宝贝的挑战。第3集，妖狐兽与基尔兽的战斗中，启人体验到数码宝贝战斗的复杂性，友情与战斗之间的矛盾让他深思。
数码宝贝第三部的剧情概述如下：主角介绍：松田启人：五年级小学生，充满率真个性，热爱数码宝贝，日常生活围绕着数码宝贝展开，如与朋友玩卡片游戏、在课堂上偷偷描绘数码暴龙等。冒险启程：启人偶然获得了一张前所未见的蓝色卡片，这张卡片拥有神奇力量。
但是就在这个时候，山木他们要把数码宝贝一扫而空的计划也到了实行的时刻了。然后终于…… 在夜空中冒起的蓝色旋涡。全部在网络上存在的数码宝贝也被卷入，完全地把数据分解的狂暴之牙……歼灭计划。山木满足地仰望着歼灭计划把所有有意识的数码宝贝一一排除。
第二部剧场版是《数码兽驯兽师 冒险者的战斗-数码兽合体战争》，于2003年7月19日在日本上映。这部电影中，数码兽们需要团结起来，通过合体来创造更强大的数码兽，以打败那些威胁他们世界和平的敌人。这两部剧场版都紧密地延续了数码宝贝3的电视动画剧情，为观众带来了更多关于数码兽世界的精彩故事和冒险。
第六部第二部分剧情：巴古拉兽取得数码宝贝世界的资料并下设七君王。主角被巴古拉兽打至现实世界后重新回到数码宝贝世界逐个击破七君王并最终打败巴古拉兽 第六部第三部分剧情：众人为阻止晶界兽壮大自己时开始狩猎数码宝贝。
《数码宝贝》第三部，即《数码宝贝：驯兽师之王》，数码宝贝3的目录按照剧集的发展，涵盖数码宝贝3了从主角松田启人遇到他的数码宝贝搭档基尔兽开始，到他们共同经历的冒险、战斗，以及最终面对的强大敌人的整个故事线。
决战黑暗势力 暗之领域的挑战 终极对决，黑暗之王的逆袭 胜利与新的征程 回归现实世界的挑战 数码世界与现实世界的交融 回归后的困扰与挑战 勇往直前，共同面对未来 《数码宝贝第三季》是数码宝贝系列的第三部作品，继续讲述了孩子们与数码宝贝的冒险故事。
第二十一话 树莉的伙伴数码暴龙是狮子兽？树莉的数码暴龙究竟是什么种类，主角们对此感到好奇。第二十二话 野猪兽登场，保卫美丽的家园，野猪兽成为了保卫家园的重要力量。第二十三话 数码宝贝总出击，迎风前进，数码宝贝们为了共同的目标，总出击，迎风前进。
数码宝贝第三季的目录涵盖了从“启程的预感”到“新的开始”的多集剧情，以下是对其部分代表性集数的梳理：初期集数：启程的预感：描绘了主角们如何意外地进入数码世界，以及他们与数码宝贝的初次相遇，为整个季度的故事奠定了基调。
人型的剑道兽，与兽型的小熊兽竟是好朋友，他们说起洞穴里有古待的数码精灵，认为如果仍然存在的，必定可解救这个岛。
伙伴数码宝贝： 乌龟兽（Kamemon） 隶属于DATS改造型数码暴龙。非常机灵，经常给大家端茶递水。汤岛浩的搭档数码暴龙，进化后是河童兽。
数码宝贝3中每集的名字和大概内容 启航！新的冒险篇章 本集讲述了主人公们进入新的冒险篇章，他们开始探索未知的数码世界，遭遇新的挑战和危险。主要内容是数码宝贝伙伴们的加入和团队组建，为后续的冒险故事铺垫。神秘的古代遗迹 在这一集中，主人公们发现了一个神秘的古代遗迹。
注：第一部和第二部：我本想将所有主角数码宝贝从幼儿期写到究极体，但由于之前网友已写了后面三个时期部分，系统不允许。
第三部：新宿小学5年2班的学生。善良、勇敢、初期热衷于战术卡搭配的小学5年级学生，经常和博和，健太玩数码宝贝战术卡的游戏，但技术不太精湛，与战斗时使用战术卡更会弄巧成拙。父母经营一家小小的面包店。性格开朗，虽然和前两个主角一样喜欢带护目镜。但却不太擅长足球等体育活动，而喜欢画画。
讲的是 在数码大冒险01后三年，进入数码世界冒险，最终打败了变种吸血魔兽，使全世界和平。第三部名为《驯兽师之王》，主人公是：松田启人（基尔兽）、李建良（大耳兽）、牧野留姬（妖狐兽）。
